على جلب الأطفال العرب للمدارس الفرنسية - العربية، مطمئنة الأهالي بأنه لا خوف على أولادهم من التنصير وله لا وجود لرسم الصليب في الأقسام (الفصول) الدراسية ولا ذكر للانجيل فيها، الخ. كما دخل لافيجري (الذي استغرب من سياسة الإدارة) في خصام مع رئيس بلدية الجزائر الذي اعتبره لائكيا (علمانيا).

أما علاقة لافيجري برجاله في المناطق البعيدة، فقد كانت على غير ما يرام أيضا. كان اليسوعي كروزا في زواوة منذ عهد بافي، حيث بقي خمس سنوات دون أن يحقق الهدف، رغم المصاريف الكثيرة. وحل محله يسوعي آخر اسمه، فانسان، ففشل أيضا. ولكن كروزا حصل على دعم لافيجري فعاد إلى مقره القديم بنفس الروح والحماس. وحذر الضابط هانوتو، الذي كان رئيس المكتب العربي بذراع الميزان، بأنه من الجنون الادعاء بأن أهل زواوة غير مسلمين عن حقيقة، كما كتب ابن علي الشريف إلى السلطات الفرنسية ضد النشاط التنصيري في المنطقة (?). وقد أرسل لافيجري بعثة من الجزويت إلى زواوة لفتح مدرسة وتقديم المساعدات الغذائية والطبية، فاستقبلهم الأهالي هناك بالاحتجاج (?)، كما تعين الأب كالو على كنيسة وهران، والأب لاسكاز على كنيسة قسنطينة. ولكن علاقة لافيجري بكل منهما لم تكن على ما يرام. فقد توفي كالو سنة 1875 متهما من قبل لافيجري