وفي 1892 كتب المستشرق فانيان كلمة مؤثرة عن ضياع ما بقي من مكتبة شيخ الإسلام الفكون. وروى كيف تفرقت وضاعت نهائيا. وهو بالطبع لا يهمه أن تضيع لأنها انتقلت في أغلبها إلى أيدي المستشرقين والمترجمين الفرنسيين، ولكنه كعالم أحس بالصدمة عندما سمع بالإهانة التي لحقت بالمخطوطات. قال فنيان إن أحد الدائنين قد باع المكتبة منذ أسابيع وهي في أسوأ الأحوال، ودون أن يعلن حتى عن بيعها بالمزاد ليقع التنافس بين المشترين، وإنما باعها ذلك الدائن (بطريقة وزن الورق القديم) ... وهكذا فإن كيسا مليئا بالكتب الثمينة قد بيع بثلاثين فرنكا، وأما الباقي فقد بيع لأول قادم (?).

وذكر فانيان أن البارون ديسلان قد قدر محتويات مكتبة الفكون بأربعة آلاف مخطوط في تقريره الرسمي. ولما رآها فانيان نفسه سنة 1886، ثم سنة 1889 قدر ما بقي منها حوالي ألفين فقط، من بينها عدد كبير من المجلدات الفاخرة والقديمة. ولكننا نعلم أن نصفها قد ضاع قبل ذلك الحين. وقد وجد أثناء زيارته 425 مجلدا منها محتجزا. (لعل بعض الدائنين حجزوا ذلك)، واطلع أيضا على هذا العدد وتفحصه (سنة 1886)، وكان فيه عدد من المجلدات الهامة والنادرة جدا. وحاول فانيان عندئذ أن (ينقذها)، كما قال، أو ينقذ بعضها ولكنه لم يستطع أن يفعل شيئا، اللهم إلا قطعة من كتاب (المقتبس) الذي قام المستشرق كوديرا COعز وجلصلى الله عليه وسلمRصلى الله عليه وسلم بنسخ نسخة منه بإشارة منه (فانيان) (?).

ولا ندري إن كان حقيقة أو خيالا أن يقول الشيخ محمود كحول سنة 1913 عن محمد بن الحسن الفكون إن أسرته كانت ولوعة بجمع المخطوطات