وقال أحمد بن جَناب: غزا عيسى بن يونس خَمْسًا وأربعين غزوة، وحجّ خمسًا وأربعين حجّة.
وقال جعفر البرمكيّ: ما رأيت في القُرّاء مثل عيسى بن يونس.
وذُكر أنه عُرض عليه مائة ألف درهم فقال: والله لا يتحدّث أهل العلم أنّي أكلتُ للسُّنّة ثمنًا.
قال الوليد بن مسلم: ما أبالي من خالفني في الأوزاعيّ، ما خلا عيسى بن يونس، فإنّي رأيت أخذه أخذًا مُحكمًا.
وقال ابن مَعِين: رأيتُ عيسى بن يونس وعليه قِباءٌ محشُوّ وخُفّان أحْمَران، يعني أنّه كان بلباس الأجناد.
قال الوليد بن مسلم: أفضل مَن بَقِيّ من علماء العرب أبو إسحاق الفَزَاريّ، وعيسى بن يونس، ومَخْلَد بن الحسين.
وقال محمد بن عُبَيْد الطَّنَافِسِيّ: يا أصحاب الحديث، ألا تكونون مثل عيسى بن يونس، كان إذا جاء إلى الأعمش ينظرون إلى هَدْيه وسَمْتَه.
قال وكيع: وذكر عيسى: ذاك رجلٌ قد قهر العِلْم.
وقال أبو زُرْعة: حافظ.
وَقَالَ مُحَمَّدُ بْنُ عَبْدِ اللَّهِ بْنِ عَمَّارٍ: حُجّة، هو أثبت من أخيه إسرائيل.
وقال ابن سعد: ثِقة ثَبت.
وسُئل أحمد بن حنبل عن عيسى بن يونس فقال: عيسى يُسأل عنه؟ قال محمد بن المنذر الكِنْديّ إنّ المأمون جاء إلى عيسى بن يونس فسمع منه، وأعطاه عشرة آلاف دِرهم، فردها وقال: ولا شُربة ماء عَلَى حَدِيثَ رَسُولِ اللَّهِ صَلَّى اللَّهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ.
قال أحمد بن جَنَاب: مات عيسى سنة سبعٍ وثمانين ومائة، وكذا أرّخه سُليمان بن عَمْر الرَّقّيّ، وعليّ بن بحر، وعبد الله بن جعفر.
وقال محمد بن مُصَفَّى: مات في نصف شعبان سنة ثمان وثمانين ومائة، وفيها أرّخه المدائنيّ، ومحمد بن المثنَّى، وأبو داود.
وقال ابن سعد، وغيره: مات سنة إحدى وتسعين ومائة.