نبت في أرومة عريقة في الحسب والنسب ببني عدي إحدى قرى مركز منفلوط بمديرية أسيوط، فقد ولد في منتصف شهر رمضان سنة 1277هـ، وكان والده العلامة الشيخ حسنين محمد علي مخلوف من كبار علماء الأزهر، أقام به سنين ثم عاد إلى بلده يعلم أهلها الفقه والدين وعلوم القرآن، وجده لأمه العلامة التقي الشيخ محمد خضاري أحد أعلام الأزهر في مستهل القرن الثالث عشر.
أتم المترجم حفظ القرآن الكريم بعد وفاة والده، وحفظ المتون وتلقى مبادئ العلوم على الأستاذ الجليل الشيخ حسن الهواري، ثم رحل إلى الأزهر فجد واجتهد في تلقي العلوم الأزهرية المعروفة، وسمت همته إلى كثير من العلوم غير المقررة بالأزهر؛ كالحساب والجبر والمساحة والهيئة والفلسفة، فتلقى أكثرها على شيخيه الجليلين