اتبعنا في إخراج المعجم القواعد العامة الآتية:
1- الاعتماد في تحديد اللفظ القرآني على مصحف المدينة النبوية الذي صدر عن مجمع الملك فهد لطباعة المصحف الشريف، والذي كتب وضبط على ما يوافق رواية حفص عن عاصم.
2- التزام الترتيب الألفبائي، مع مراعاة وضع الألف بعد الهمزة، والتاء المربوطة بعد المفتوحة، والياء المنقوطة بعد غير المنقوطة، مع مراعاة ما يأتي كذلك:
أ- اعتبار الحرف المشدد بحرفين.
ب- إعطاء الأسبقية للأقل حروفًا.
ج- الترجيح بعد ذلك بحسب نوع حركة الحرف الأول (فتحة- ضمة- كسرة) ، فإذا اتفقت حركة الحرف الأول رجحنا بحركة الحرف الثاني (سكون- فتحة- ضمة- كسرة) ، ونفس الشيء في سائر الحروف.
3- بالنسبة لمداخل المعجم، راعينا ما يأتي:
أ- كتابة "أينما" الشرطية كلمة واحدة حيثما وردت في الجذر، أو الجذع، أو الصورة الحيادية، أو الصورة الواردة، سواء وردت مفصولة في المصحف (أين ما) ، مثل: الآية 148 من سورة البقرة، أو وردت موصولة (أينما) ، مثل: الآية 115من سورة البقرة.
ب- الكلمات: "بصطة" و"مصيطر" و "وُصطى" التي وردت في المصحف بالصاد مع أن أصول هذه الكلمات بالسين (بسطة، مسيطر، وسطى) وضعناها تيسيرًا على المستخدم في الموضعين مع الإحالة من أحدهما على الآخر.