أولاً: سقوط بعض الكلمات القرآنية من المعجم، كما حدث مع كلمة "الموتى" التي وردت في القرآن الكريم سبع عشرة مرة، وليس لها وجود تحت الجذر (م وت) ، في حين وردت كلمة "أموات" و"ميتون" (2/1065،1066) . وكما حدث مع كلمة "نَزْلَة" التي لم ترد تحت الجذر (ن ز ل) مع ورودها في قوله تعالى: {وَلَقَدْ رَآهُ نَزْلَةً أُخْرَى} (النجم: 13) .

ثانيًا: حدوث خطأ في بعض الجذور، كوضعه الفعل تتجافى تحت الجذر (ج ف ا) وصحته: (ج ف و) .

ثالثًا: حدوث أخطاء طباعية تتمثل في سقوط الجذر (هـ م ر) ، ووضع كلمة "منهمر" تحت الجذر السابق (هـ م د) ، وفي ذكر أرقام الآيات خطأ، كما في كلمة "راعنا" التي ذكر تحتها 146/النساء، وصحتها: 46/النساء، وحرف النداء "يا" الذي اقتبس المعجم له الآية {يَا أَيُّهَا النَّاسُ اعْبُدُوا رَبَّكُمُ} وذكر أنها وردت في البقرة 51، والصواب: البقرة21، وغير ذلك.

رابعًا: قصور الشرح، كما حدث مع كلمة "جحيم" التي اقتصر المعجم على أحد معانيها في القرآن، وهو اسم من أسماء جهنم، وترك المعنى الثاني، وهو النار المؤججة الشديدة الاتقاد، كما في قوله تعالى: {قَالُوا ابْنُوا لَهُ بُنْيَاناً فَأَلْقُوهُ فِي الْجَحِيمِ} (الصافات: 97) .

خامسًا: نقص الإحصاء، كما ورد في مادة "الذوق"، حين قال المعجم: إن اللفظ قد استعمل على الحقيقة بمعنى إدراك الطعام بالفم في آية واحدة هي: {ذَاقَا الشَّجَرَةَ} (الأعراف: 22) ، وقد فات المعجم آية ثانية في سورة "النبأ"، وهي: {لا يَذُوقُونَ فِيهَا بَرْداً وَلا شَرَاباً} (النبأ: 24) .

سادسًا: سوء توزيع الآيات القرآنية على معاني الكلمة القرآنية حين تتعدد، كما حدث مع قوله تعالى: {أَنْ تُفْسِدُوا فِي الْأَرْضِ وَتُقَطِّعُوا أَرْحَامَكُمْ}