وإن مما يستدرك على عمله – رحمه الله – قصوره في فهرسة الحروف والضمائر الواردة في الكتاب العزيز؛ إذ اقتصر على ألفاظ القرآن – أسماء وأفعالاً – وبعض الحروف (?) ، دون وضع منهج واضح في فهرستها (?) .

ولعلّ هذا ما حدا ببعض الباحثين إلى تأليف معاجم مكملة لعمله، كـ" معجم الأدوات والضمائر في القرآن الكريم " للدكتور إسماعيل عمايرة والدكتور عبد الحميد السيد (?) ، فقد عدّا عملهما تتمة لمعجم محمد فؤاد عبد الباقي (?) ، وكذلك " معجم حروف المعاني في القرآن الكريم " لمحمد حسن الشريف (?) ، الذي نوه في مقدمته (?) إلى أن كتابه يعد إضافة متواضعة إلى الجهود السابقة لوضع فهارس شاملة للقرآن الكريم، مثل: المعجم المفهرس لألفاظ القرآن الكريم.

ومما يستدرك عليه – أيضا – عدم كتابة الآيات الكريمة وفق الرسم العثماني تبعاً لخط المصحف. وخلو الآيات من الضبط التام بالشكل، مما يتحتم على الباحث العودة إلى المصحف الشريف في كل مرة يستشير فيها المعجم.