يكون لكل دولة من دول منظمة المؤتمر الإسلامي عضو عامل في المجمع، كما ويجوز ضم أكثر من عضو عامل من الدولة الواحدة ولكن لا يتم ذلك إلا بقرار من مجلس المجمع.
كما ويحق للمجلس أن يضم بقرار منه إلى عضويته من تنطبق عليه شروط العضوية من علماء المسلمين، إذا كان هذا العضو يسكن في دولة غير إسلامية أو دولة غير عضو في المنظمة، ولكن بشرط أن لا يتجاوز عدد الأعضاء العاملين في المجمع من الدول غير الأعضاء ربع عدد الأعضاء الذين يمثلون دولهم التابعة للمنظمة.
كما ويحق للمجمع أن يضم إليه أعضاء مراسلين، يتم استدعاؤهم كلما دعت الحاجة إليهم، دون أن يكن لهم حق التصويت على قرارات المجمع.
ويرأس المجمع حاليا الدكتور بكر أبو زيد عضو هيئة كبار العلماء في السعودية.
كما ويشترط أن يتوفر في عضو المجمع الشروط التالية:
1ـ الالتزام بالدين الإسلامي عقيدة وسلوكا.
2ـ سعة الإطلاع وعمقه في العلوم الإسلامية عامة، والشرعية على وجه الخصوص، فضلا عن معرفته بواقع العالم الإسلامي.
3ـ أن لا يكون قد صدر ضده حكم مخل بالشرف والأمانة.
4ـ أن يكون متمكنا من اللغة العربية.
ويتم إسقاط العضوية بقرار يصدره المجلس بثلثي أعضائه العاملين في الحالات التالية:
1ـ إذا فقد العضو شرطا من شروط العضوية.
2ـ التغيب عن اجتماعات المجمع دورتين متتاليتين بدون عذر.
3ـ أن يتقدم شخصيا بالاستقالة.
4ـ اتفاق ربع أعضاء المجمع على عدم أهليته للعضوية. (?)