استمر الشيخ عبد الباقي رحمه الله على حالة الجميل, ناشراً للعلم، مفيداً للطالبين، حتى توفاه الله، واختاره إلى جواره، ليلة الثلاثاء سابع عشر ذي الحجة سنة / 1071 هـ /، ودفن بتربة الغرباء, ومن مقبرة الفراديس بدمشق، رحمه الله تعالى, وكافة العلماء العاملين.