وطريقته في ترتيب الكلام في داخل الباب الواحد أن يأخذ من الثنائي مثلا عق فيترجم لها ثم يترجم لمقلوبها قع قبل أن ينتقل إلى الكلمة التي تلي عق وهي عك.
وإذا وصل إلى باب الثلاثي الصحيح كانت المادة الاولى عنده هي المولفة من العين والهاء والقاف ولم يستعمل من وجوه هذه المادة إلا عهق وهقع فأثبتها وأهمل الا وجه الاخرى.
فإذا انتهى من الكلمة وتقليباتها انتقل إلى الكلمة التى تليها وهي المؤلفة من العين والهاء والكاف: عهك، ولم يستعمل غيرها فأثبتها وأهمل ما سواها من التقليبات.
وهكذا إلى أن انتهي الكلمات المبدوءة بالعين مع ما يليها من الحروف فيعقد بابا جديدا وهو باب الحاء مع ما يليه ويفعل فيه ما فعل في باب العين إلى أن تنهي أبواب الكتاب كلها.
وكان قد بدأ بالعين، لا لانها أول الحروف مخرجا، ولكنها أول الحروف نصاعة وثباتا، والهمزة عنده هي أول الحروف مخرجا، لانها نبرة في الصدر تخرج باجتهاد على حد تعبيره في الكتاب، ولم يبدأ بها " لانها حرف مضغوط مهتوت إذا رفه عنه انقلب ألفا أو واوا أو ياء ".
ولم يجعل البدء بالاف لانها ساكنة ابدا ولا بالهاء لهتتها وخفائها فهي كالالف، ولكنها أقوى منها في التأليف، لانها تقبل الحركة، ويبدأ بها، ومن أجل ذلك أخرها عن العين، لان العين عنده أنصع الحروف (?) .
قال ابن كيسان فيما حكى السيوطي: " سمعت من يذكر عن الخليل انه قال: لم أبدأ بالهمزة: لانها يلحقها النقص والتغيير والحذف، ولا بالاف لانها لا تكون في ابتداء كلمة لا في اسم ولا فعل إلا زائدة أو مبدلة، ولا بالهاء لانها مهموسة خفية لا صوت لها، فنزلت إلى الحيز الثاني وفيه العين والحاء فوجدت العين أنصع الحرفين فابتدأت به ليكون أحسن في التأليف " (?) .