كان الخليل فكر، وأطال التفكير في صنع كتاب في اللغة يحصر لغة العرب كلها، لا تفلت منه كلمة، ولا يشذ منها لفظ، وهداه عقله الناقد الفاحص إليه، وخطا في ذلك خطوات علمية محكمة، وأقام خطته على نظام رياضي دقيق.
بني الخطة على أساس من عدة الاصول التي تتألف منها للكلمة، ولم يعبأ بالزوائد، وقد توافرت لدية أبواب منتظمة محبوكة حبكا رياضيا متقنا.
عدة أبواب كتاب العين هي عدة الحروف السواكن يضاف إليها باب خاص بأحرف العلة، وأول أبواب الكتاب باب العين الي اتخذ منه اسم هذا المعجم، وينطوي فيه الكلمات المستعملة التي تتألف من العين مع ما يليها.
ويليه باب الحاء، وينطوي فيه الكلمات المستعملة التي تتألف من الحاء مع ما يليها.
ويليه باب الهاء وينطوي فيه الكلمات المستعملة التي تتألف من الهاء مع ما يليها.
ثم باب الخاء، وفيه الكلمات المستعملة التي تتألف من الهاء مع ما يليها.
ثم باب الغين وفيه الكلمات المستعملة التي تتألف من الغين مع ما يليها، وبالغنن تنهي مجموعة حروف الحلق، وهي تعادل نصف الكتاب.
فإذا انتهى من مجموعة أصوات الحلق بدأ بمجموعة اللهاة وفيها حرفان هما القاف والكاف وباب القاف يحتوي الكلمات التي تتألف من القاف مع ما يليها، وكذلك باب الكاف.
وهكذا ينتقل من مدرجة إلى ما يليها حتى ينتهي إلى مدرجة الشفتين، وفي صفحة الشفتين عنده ثلاثة أحرف صحاح هي الفاء والباء والميم، وأبواب هذه الحروف صغيرة جدا، لانها أنما تحتوي الكلمات التي تتألف منها مع ما يليها، ولا يلي الفاء إلا الباء والميم ولا يلي