الفصل الثاني: دراسة كتاب "الطرق الحكمية"، وتشمل سبعة مباحث:
المبحث الأول: تحقيق اسم الكتاب، وتوثيق نسبته للمؤلف.
المبحث الثاني: موضوعه، وسبب تأليفه.
المبحث الثالث: منهج المؤلف في كتابه.
المبحث الرابع: مصادره.
المبحث الخامس: خصائص الكتاب ومزاياه.
المبحث السادس: مختصرات الكتاب.
المبحث السابع: وصف النسخ الخطية، ويتضمن: عدد النسخ المخطوطة، والتعريف بالنسخ، وتاريخ النسخ، ونماذج من المخطوطات.
ثانيًا: القسم التحقيقي:
وقد اتبعت فيه المنهج الآتي:
1 - نسخ الكتاب وفق المخطوطات المتوفرة، بحيث يصبح أقرب ما يكون إلى الأصل الذي وضعه مؤلفه، مع إبراز الفروق بين النسخ في الهامش، وتعليل الاختيار عند الحاجة.
2 - كتابة النص وفق القواعد الإملائية عدا الآيات فوفق الرسم العثماني.
3 - عزو الآيات إلى مواضعها في كتاب الله تعالى.