بفاطمة ابنة عمران بن بركة وذلك عام 1275هـ/ 1858م، وقد أنجبت للمهدي عدة أولاد وتوفيت في حياته سنة 1891م.

- بعدوفاة ابنالسنوسي خف كبار العلماء والشيوخ في الحركة السنوسية الى مبايعة محمد المهدي.

- كون محمد المهدي السنوسي مجلساً أعلى من كبار الأخوان، يتكون من العلامة عمران بن بركة، وأحمد الريفي، وعلي عبد المولى، وفالح الطاهري، وعبد الرحيم المحبوب، ومحمد المدني التلمساني، محمد بن الحسن البسكري.

- كان المجلس الاعلى للحركة يمثل قمة الهرم الذي قاعدته الزوايا، وكان يضم كبار رؤساء الزوايا في برقة وطرابلس ومصر والحجاز، والسودان، وشمال أفريقيا وكان يجتمع سنوياً في الجغبوب للنظر في أهم أمور الحركة.

- من الملاحظ أن مبدأ التفرغ كان موجوداً في الحركة، لقناعة الحركة السنوسية أن الأعمال العظيمة تحتاج الى أوقات كبيرة، وجهود ضخمة، وهمم عالية، ولذلك سلكت الحركة السنوسية مسلك تفريغ بعض القيادات، ووفرت المال اللازم لهذا الهدف، ووفرت كل ما يحتاجه الافراد المتفرغين حتى يستطيع لمتفرغون أن يبذلوا مافي وسعهم من اجل الدعوة ونشرها بين الناس.

- اهتم محمد المهدي بتطوير العاصمة السنوسية؛ فحفلت الجغبوب بالنشاط العلمي، والزراعي، وانتظم سير العمل في معهد الجغبوب، ووزع تلاميذ المدارس القرآنية على أقسام، ورتبت بدقة أمور الدراسة، وكل ماتيعلق بالطلاب.

- كانت الزوايا تقوم بدورها في جمع المعلومات وما يتعلق بالقضايا الأمنية وترسلها الى الجغبوب، وكان نظام البريد ينقسم الى اربعة أقسام نقطة ارتكازها الجغبوب.

- نمت الحركة السنوسية في عهد محمد المهدي نمواً كبيراً، وتضاعف عدد الزوايا أكثر من اربعة أضعاف وانتشرت هذه الزوايا في الصحراء الكبرى، وعلى طريق مصر، وتونس، وفي واداي.