الجيوش إلا أن نزل حلوان فلحق به هرثمة بن أعين في جيش كثيف، وكتب اليه المأمون ان يخلى بين هرثمة وبين المسير الى مدينة السلام ويسير هو اليها على طريق الأهواز فسار هرثمة حتى نزل طاهر الجانب الشرقي من مدينة السلام وسار طاهر فافتتح الأهواز وواسط والمدائن واحتوى على الكوفة والبصرة ونزل بظاهر الجانب الغربي من مدينة السلام وذلك في سنة 196 فحاصرها وغادوهم القتال وراوحوهم وقد كان الحسين بن على بن عيسى بن ماهان قدم من الرقة قبل وصول طاهر وهرثمة مدينة السلام في جيش كثيف، وكان مع عبد الملك بن صالح ابن على بن عبد الله بن العباس، فلما مات عبد الملك سار الى مدينة السلام لثلاث خلون من رجب من هذه السنة فخلع محمدا ودعا الى المأمون، فأجابه الناس الى ذلك وسجن محمدا وأمه وولده في مدينة أبى جعفر، وطلب منه الجند أرزاقهم فلم يكن عنده ما يعطيهم ومناهم قدوم هرثمة فأخرجوا محمدا بعد حبس يومين وأعادوه الى حاله وجددوا له البيعة يوم الجمعة لست عشرة ليلة خلت من رجب من هذه السنة وجاءوه بالحسين بن على فصفح عنه وولاه امره ودفع اليه خاتمه فغدر وهرب يريد هرثمة فلحق فقتل على فرسخ من بغداد على طريق النهروان وأتى محمد برأسه ودخل هرثمة الجانب الشرقي وطاهر الجانب الغربي في المحرم سنة 198 وجد طاهر في القتال الى ان استولى على أكثر الجانب الغربي وحصر محمدا بمدينة أبى جعفر المنصور.

فراسل الأمين هرثمة خفية في المصير اليه، وكان أوثق عنده من طاهر، فتأهب هرثمة لذلك، وصار في حراقة له إلى بعض الشارع، وركب معه الأمين وعلم طاهر بذلك، فوجه بعده من خاصته، فرجموا الحرافة، ونجا محمد الأمين سباحة الى الشط، وصار في يد بعض أصحاب طاهر، فقبض عليه، وعرف ظاهر