2- أقاموه ليكون معقلا للكفر والنفاق، والتآمر على المسلمين، فصار مركز الفتنة وبيت النفاق ومأوى المنافقين.
3- قصدوا ببنائه أيضا تفريق كلمة المؤمنين، وتوهين المودة والألفة بينهم.
4- جعلوه مرصدا ومقرا لمحاربة الله ورسوله، بقيادة أبي عامر الراهب من الخزرج الذي ذهب إلى هرقل ليأتي بجنود يحارب بهم النبي وصحبه.
وصار المنافقون يحلفون: ما أردنا ببناء هذا المسجد إلا الفعلة الحسنى والتوسعة علينا وعلى من عجز أو ضعف عن المسير إلى مسجد قباء، والله يعلم خبث ضمائرهم ويشهد على أنهم كاذبون فيما حلفوا عليه.
لكل هذه الأسباب القائمة على الضرر والإساءة، نهى الله تعالى نبيه عن الصلاة في هذا المسجد: مسجد الضرار: لا تَقُمْ فِيهِ أَبَداً. ثم أذن له وحضه على الصلاة في مسجد قباء لأمرين:
الأول- أنه بني على التقوى وهي طاعة الله ورسوله، وقصد به إرضاء الله تعالى، وإخلاص العبادة فيه، وجمع المؤمنين، والعمل على وحدة الإسلام، وظلت هذه المزية له، وأصبح من السنة صلاة ركعتين فيه على الدوام، لما
جاء في الحديث الصحيح عن أحمد والترمذي وابن ماجه والحاكم عن أسيد بن ظهير: «الصلاة في مسجد قباء كعمرة» .
والأمر الثاني الدال على مزية مسجد قباء: أن فيه رجالا يحبون أن يتطهروا طهارة معنوية: وهي التطهر من الذنوب والمعاصي، وطهارة حسية للثوب والبدن والمكان، بإتباع الماء الحجر في الاستنجاء، والحرص على التنظف بالوضوء والغسل. والله يحب أهل النظافة والطهارة المعنوية والجسدية، ويرضى عنهم، ويقرّبهم من جنابه تعبيرا عن المحبة والرضا.