من المقترح استخدام طرق وأساليب الحوار والمناقشة، حل المشكلات، التحليل والاستنباط في مناقشة موضوعات البحوث، ويجب أن تتوافر للمعلم القدرة على إدارتها، ويمكن أن تسير خطوات الدرس كما يلي:
1- البدء بمقدمة تعرض وجهات نظر متناقضة.
2- عرض المشكلة أو القضية وتحديدها بوضوح.
3- طرح الأدلة والأسانيد الإيجابية والسلبية وبيان مدى تطبيق كل منها.
4- تحليل المشكلة والخروج باستنتاجات مدعمة بالأدلة.
لا شك أن دراسة المشكلات والقضايا المعاصرة في ضوء الفكر الإسلامي وسبر أغوارها للتعرف على أبعادها بدقة أمر حيوي للوقوف على روح الإسلام وإبراز اتجاهاته الإصلاحية في عصر طغت فيه التفسيرات المادية على ما عداها من التفسيرات الأخرى بخاصة التفسيرات الدينية. إن تدريس البحوث يعود بالنفع والفائدة على التلاميذ حيث إنها مجال لتدريبهم على الأسلوب العلمي في تناول المشكلات ومعالجتها.
ويجب أن تترابط وتتكامل موضوعات البحوث الدينية في تحقيق الأهداف المحددة لها. ومن الأفضل أن تعالج جميع موضوعات البحوث من خلال ربطها بمشكلات واقعية إنسانية أو اجتماعية، مع اعتمادها على التحليل والمقارنة بين النظم الإسلامية والنظم الوضعية.