يعتبر كتاب "تهذيب الأخلاق وتطهير الأعراق" من أهم وأشهر كتبه. وهو كتاب صغير الحجم عظيم القدر يبدو منه بوضوح تأثيره على فكر حجة الإسلام الغزالي الذي جاء من بعده ونقل عنه كثيرا من أفكاره. وهناك كتب أخرى لابن مسكويه منها "كتاب الفوز الأصغر والفوز الأكبر وفوز النجاة" و"كتاب ترتيب السعادات" وكتاب "آداب العرب والفرس" و"كتاب تجارب الأمم"، وله كتاب "الحكمة الخالدة" تحقيق الدكتور عبد الرحمن بدوي. ويقول الدكتور أحمد عبد الحليم عطية محقق كتاب السعادة والإسعاد في السيرة الإنسانية لأبي الحسن محمد بن يوسف العامري المتوفى 381هـ في ص17 أن ابن مسكويه نقل فيه عن العامري وخصص فيه فصلا طويلا عن وصايا العامري وآدابه1. هذا إلى جانب بعض الرسائل الصغيرة ما زال الكثير منها إن لم يكن معظمها مخطوطا. من هذه الرسائل رسالة "في النفس والعقل" ورسالة "اللذات والآلام" و"ورسالة في جوهر النفس والبحث عنها".