وقاوم استخدام السحر في معالجة الأمراض، واتجه المسلمون بالطب من الخرافة والشعوذة إلى الطب العلمي التجريبي واستعانوا بالآلات في طب الجراحة وجعلوا لهذه الآلات قسما مستقلا من أقسام الطب كما أنشئوا المستشفيات والبيمارستانات. كما كان لهم الفضل في وضع نظام الترخيص الشرعي لممارسة الطب والصيدلة. وهم بذلك أول من ارتقى بالطب إلى المهنة القائمة على الاحترام والاحتراف معا. هذا في الوقت الذي حرمت فيه الكنيسة في أوربا طب علاج الأمراض لأن المرض عقوبة من الله.

ومن أعلام الطب التجريبي في الإسلام الشيخ ابن سينا أعظم من كتب في الطب في العصر الوسيط. وقد ولد في ميشن ببخارى عام 980م وتوفي في همذان عام 1037م. وهو من أعظم علماء الإسلام، فهو أول من جعل للتجربة مكانا عظيما في دراساته وطبه. ومن أشهر كتبه "القانون" في قواعد الطب بأجزائه الخمسة، واهتم به علماء أوربا، وترجم إلى اللاتينية، وطبع في أوربا حوالي خمس عشرة مرة. وظل المرجع الذي يدرس في الطب في جامعات أوربا حتى القرن الثامن عشر أي طيلة ستة قرون. كما ظل يستخدم حتى القرن التاسع عشر في كلية مونبليه التي أنشأها العرب قبل ذلك بألف سنة. وله أيضا كتاب "الأدوية القلبية" وعدد من قصائد في الطب.

وعلي بن العباس الذي عاش في أواخر القرن العاشر طبيب آخر نال شهرة كبيرة وهو صاحب مؤلف كامل في الطب سماه "الملكي" ويشمل كتابه عشرة أجزاء في الطب النظري وعشرة أجزاء في الطب العملي وأظهر في كتابه أخطاء كثيرة لبقراط وجالينوس وأريباسيوس. وترجم هذا الكتاب إلى اللاتينية عام 1127م. وهو كتاب "التصريف لمن عجز عن التأليف" وهو أشهر كتاب في الجراحة في أوربا زهاء خمسة قرون، ومنهم ابن زهر الإشبيلي الطبيب اللامع في القرن الثاني عشر وأستاذ ابن رشد. وابن رشد نفسه حجبت شهرته شارحا