تميزت مؤلفات محمد صديق حسن خان بالتنوع حيث صنَّف في فنون عدة، وكانت له منهجية واضحة هي: الجمع والتوليف والتنوع في الموضوعات، وعدّ المؤلف مصنفاته توليفاً حيث قال: " وكتب إليه علماء الآفاق ومحرروها ومحدثو الديار ومفسروها، كتباً كثيرة أثنوا فيها على تلك التواليف " (?).
وغالباً ما يذكر في مقدمات كتبه منهجه وما وضعه في كتابه من ذلك (الروضة الندية شرح الدرر البهية) وهو شرح على (الدرر البهية للقاضي الشوكاني) حيث يقول: "جعلته شرحاً ممزوجاً، وصيرته على منواله منسوجاً مستوعباً للفظه ومعناه، ومستصحباً لفحاويه ومبناه، مضيفاً إليه مذاهب الفقهاء ليظهر ضعفها أو قوتها، عند تقابل الأدلة وتعارضها بالآراء لا للأخذ بها على ما كان بأي حال، فإن الرجال تعرف بالحق لا الحق بالرجال ثم زدت عليه أشياء من حاشية المتن على شفاء الأوام التي سماها وبل الغمام، ومن غيرها عند النظر الثاني في هذا الكتاب. . .، هذا وقد أمليت هذا الشرح على طريق الارتجال بالاستعجال، ارشاداً إلى طرق من العلم طالما تركت، وهزاً لطبائع جامدة طالما ركدت " (?).
فمنهجه التوليف فهو يجمع، ويضمن، ويشرح ويكون أحياناً في كتاب واحد ونرى ذلك في " نزل الأبرار بالعلم المأثور من الأدعية والأذكار، قال مؤلفه: جمعت هذا السفر المختصر وجئت بما تيسر لي وحضر بتجريد كتاب الأذكار عما زاد على أحاديث الدعوات والأذكار من دقائق الفقه ومهمات القواعد. . .، وضممت إليه ما في العدة وشرح التحفة والكلام الطيب وغيرها من الفوائد " (?).
وفي كتابه (حسن الأسوة بما ثبت من الله ورسوله في النسوة) وصف مادة جمعه وسبب التأليف وهو بذلك يشرح منهجه في مقدمة الكتاب حيث يقول: " فهذا كتاب وسط في جمع آيات بينات، نزلت في أمور النساء وشؤونهن، وأحاديث طيبات، وردت في أطوارهن وفنونهن، أخذتها من الكتاب العزيز استقراء، وزدت عليها تفسير بعضها من فتح البيان، وهو الكتاب الأول من هذا المسطور، ثم أتبعتها أحاديث من الصحاح، والسنن، وموطأ