أما عن منهج الإمام الحَوفي في كتابه، فيستطيع أن يعرفه أي قارئ ببساطة، لأنه قسم كتابه تقسيما جيدا بالنسبة إلى عصره، حيث إن التقسيمات، والترتيبات، لم تكن قد نضجت في عصر الإمام الحَوفي، وإنما كانت النهضة قائمة على ترتيب العلوم التي ورثوها عن العلماء الأجلاء، لأن العلوم من حيث هي لم تنضج إلا في القرون الأربعة الأولى، وجاء بعد ذلك علماء ليشرحوا، ويرتبوا ترتيبا علميا.
إن منهج الإمام الحَوفي-رحمه الله-كان واضحا في كتابه حيث وضع له خطوطا واضحة الملامح، سار عليها من أول الكتاب إلى آخره، كما هو واضح من العناوين التي ذكرها في كتابه وذلك على النحو التالي:
1 - يقدم الحوفي بين يدي تفسير السورة أمورا تتعلق بها هي كالمدخل لها كاسم السورة وما يتعلق بنزولها ونحو ذلك، فمثلا يقول: "سُورَةُ يُوسفَ عليه السَّلامُ" ثم يذكر التنزيل فيقول: "قال ابن عباس: نزلت بمكة فهي مكية". ثم يفسر آيات السورة، ويختم السورة بذكر عدد آياتها.
2 - يرتب تفسير الآية، أو الآيات ترتيبا دقيقا، حسب علوم القرآن، فيبدأ بذكر الآية، أو الآيات التي يريد تفسيرها حسب ترتيب المصحف برواية ورش عن نافع (?). ثم يبدأ التفسير بالقول في الإعراب، وهو لا يقصد بالإعراب ضبط أواخر الكلم فقط، إنما قصد الإعراب بمعناه الواسع فهو يجمع بين البحث اللغوي، والنحوي، ونحو ذلك، ويبدو ذلك واضحا من جمعه بين المباحث اللغوية