من عنوان الكتاب يظهر أن هناك خلافا بين العلماء حول مضمونه، حيث ذهب الشيخ عبد العظيم الزرقاني (ت: 1367 هـ) إلى أن الحوفي أول من صنف في علوم القرآن كتابا أسماه [البرهان في علوم القرآن]، لا على طريقة ضم النظائر بعضها إلى بعض، وإنما على طريقة النشر والتوزيع؛ تبعا لانتشار الألفاظ المتشاكلة في القرآن وتوزيعها، وقد اطلع عليه في دار الكتب المصرية، ووصف طريقته، ويوجد منه خمسة عشر مجلدا غير مرتبة، ولا متعاقبة (?).
وتبعه في هذا الرأي كل من الشيخ مناع القطان (?)، والدكتور محمد الصباغ (?). ونقض قوله الدكتور محمد بن أبي شهبة (?)، والدكتور فهد الرومي (?) والدكتور حسن العتر (?)، بقولهم إنه كتاب تفسير، وليس كتابا في "علوم القرآن" وقد سبقهم إلى هذا القول كل من الزركشي، والسيوطي، وبالاطلاع على أجزاء المخطوط، وجدته يبدأ بذكر المقطع من الآيات القرآنية التي يريد الحديث عنها، ثم يذكر الإعراب، وشيئا من معاني المفردات، ثم يقول:"وقد تضمنت الآيات ... " ويذكر بعض الاستنباطات والفوائد القرآنية، ثم يقول: "القول في القراءة"، ويذكر قراءات- القراء السبعة- مع