وهذه النسخة أقل وضوحا من النسخة الأولى. وقد تعددت فيها مواطن التحريف وسقوط الكلمات، وغير ذلك من تصحيف وتحريف.
النسخة الثالثة: محفوظة فى دار الكتب المصرية تحت رقم (541) تفسير تيمور، وتتكون من أربعة أجزاء، إلا أن الجزء الرابع غير كامل.
الجزء الأول: من أول مقدمة المفسر حتى تفسير قوله تعالى: مَّا يَفْعَلُ اللَّهُ بِعَذابِكُمْ إِنْ شَكَرْتُمْ وَآمَنْتُمْ..
الآية 147 من سورة النساء. ويقع هذا الجزء فى (241) لوحة، وكل لوحة تشتمل على صفحتين. ورقم ميكرو فيلم هذا الجزء بدار الكتب (27286) .
الجزء الثاني: أوله: تفسير قوله تعالى: لا يُحِبُّ اللَّهُ الْجَهْرَ بِالسُّوءِ.. الآية 148 من سورة النساء، وآخره:
تفسير قوله تعالى: لَيْسَ عَلَى الضُّعَفاءِ وَلا عَلَى الْمَرْضى.. الآيتان 91- 92 من سورة التوبة، ويقع هذا الجزء فى (200) لوحة. ورقم الميكروفيلم (38066) .
الجزء الثالث: أوله تفسير قوله تعالى: إِنَّمَا السَّبِيلُ عَلَى الَّذِينَ يَسْتَأْذِنُونَكَ وَهُمْ أَغْنِياءُ.. الآية 93 من سورة التوبة. وآخره: آخر تفسير سورة الكهف ويقع فى (247) لوحة. ورقم الميكروفيلم (37286) .
الجزء الرابع: أوله: تفسير قوله تعالى: وَلا تُجادِلُوا أَهْلَ الْكِتابِ إِلَّا بِالَّتِي هِيَ أَحْسَنُ.. الآية 46 من سورة العنكبوت إلى آخر سورة الصافات. ثم من أول سورة الشورى، حتى تفسير قوله تعالى: وَلَئِنْ سَأَلْتَهُمْ مَنْ خَلَقَ السَّماواتِ وَالْأَرْضَ لَيَقُولُنَّ خَلَقَهُنَّ الْعَزِيزُ الْعَلِيمُ الآية 9 من سورة الزخرف. وبين هذا الجزء وبين سابقه سقط كبير وملازم مفقودة.
ويقع الموجود من هذا الجزء فى (161) لوحة. ورقم الميكروفيلم (29172) ونسخت هذه المخطوطة عام (1299 هـ) ، ومقاس صفحتها 12 18 سم، والصفحة تشتمل على 28 سطرا. وكتبت بخط مغربى. كما كتبت الآيات وأسماء الأعلام بلون مخالف. لم يظهر فى التصوير. وهذه النسخة مثل سابقتها فى تعدد مواطن التحريف والنقص والتصحيف.