وقد يرجع الغموض إلى إيهام كلمة أو تعسرها على الإدراك فيكشف المحقق عن ذلك في غير المتن، وقد ينتج الغموض عن بعض المصطلحات التي اشتهرت في عصر المؤلف، لكنها ظهرت بغموضها للقارئ، وحينئذ فلا بد من توضيحها في الهامش.

وأما تصحيح الأخطاء في الإعراب وفي تصحيح الأساليب التي وردت في المتن؛ فيتم ذلك في الحاشية، أو الهامش، ويكون المحقق دقيقا في تصحيحها بدون تعرض لشخص المؤلف، وكذلك الأمر في توضيح الأسلوب والكشف عن حقيقته، وبيان الغرض منه ليرفع من مستوى أسلوب المخطوطة ما يسمو إليه الباحث المحقق، كل ذلك جائز في الحاشية أو الهامش مراعاة للأمانة العلمية، وإن استعمل ذلك في متن المخطوطة تكون من الخيانة العلمية التي تتنافى مع روح البحث العلمي والتحقيق الأمين.

وأما التوثيق في متن المخطوطة فله مجال آخر أيضا، حيث يكون له دوره في تحقيق الخطأ الذي يقع في شواهد القرآن الكريم، فيلزم التصحيح في متن التحقيق مع التنبيه في الهامش على الخطأ وعلى الآية وعلى السورة، كما ورد في القرآن الكريم لأن له من القداسة ما لا تقبل فيه المجاملة، لنحافظ بأمانة على الخطأ في المتن، فترك الخطأ هنا يكون مزلقة، وعدوانا على قداسة القرآن.

وإن رأي البعض أن يؤدي الشاهد القرآني بخطئه، وهذا رأي مرجوح وبعيد عن الصواب، ذكر ذلك الخلاف ابن كثير: