كان من عادة الذهبي - رحمه الله - أنه لم يكن ليسكت على كلام يعلم فيه مخالفة، يعلم ذلك من قرأ كتبه رحمه الله. ولذلك كان له تعليقات مفيدة على المستدرك سواء أكان ذلك يتعلق بالصنعة الحديثية أو غيرها من فروع العلم، من ذلك:
1) قال الحاكم: 1/ 370، بعد أن أورد حديث جابر: نهى رسول الله - صلى الله عليه وسلم - أن يبنى على القبر، أو يجصص، أو يباع عليه ونهى أن يكتب عليه. هذا حديث صحيح على شرط مسلم وقد خرَّج بإسناده غير الكتابة، فإنها لفظة صحيحة غريبة، وكذلك رواه أبو معاوية عن ابن جريج ثم ساق الحديث، ثم قال: هذه الأسانيد صحيحة، وليس العمل عليها، فإن أئمة المسلمين من الشرق إلى الغرب مكتوب على قبورهم، وهو عمل أخذ به الخلف عن السلف. ا. هـ. فتعقبه الذهبي قال: قلت: ما قال طائلا, ولا نعلم صحابيا فعل ذلك، وإنما هو شيء أحدثه بعض التابعين فمن بعدهم، ولم يصلهم النهي. ا. هـ.
2) قال تعقيبا على حديث رقم (4650) والمعروف بحديث الطير: ابن عياض لا أعرفه، وقد كنت زمانا طويلاً أظن أن حديث الطير لم يجسر الحاكم أن يودعه في مستدركه، فلما علقت هذا الكتاب رأيت الهول من الموضوعات التي فيه، فإذا حديث الطير بالنسبة إليه سماء. ا. هـ.
3) الحديث رقم (6788) عن أنس: أطعم النبي - صلى الله عليه وسلم - على صفية بنت حيي خبرا ولحما. هذا حديث صحيح الإسناد ولم يخرجاه. قال الذهبي: بل غلط إنما ذي زينب. ا. هـ.
4) وقال تعقيبا على حديث رقم (8516): بل سليمان هالك، والخبر شبه خرافة.
5) كثيرا ما يقول: سنده مظلم، وأمثلته (4015)، (7893)، (8239).