زعمه أنّ بعض أهل العلم قد طلب منه أن يفصل بين تفسيره وبين النّص القرآنيّ بكلمة (أي) حتى لا يلتبس كلامه بالقرآن الكريم.

وهذا مما دفع إلى اتهامه بالكفر، ومحاولة إقامة حد الردة عليه (?)

يقول " ابن إياس" في أحداث شهر" ذي الحجة" من سنة (877) :

" ومن الوقائع في هذا الشهر أنّ " البرهان البقاعيّ" وقاضي الجماعة " أبو عبد الله القلجانيّ المغربيّ المالكيّ " وقع بينهما بحثٌ في بعض المسائل، فوقع من " البرهان البقاعيّ " في ذلك المجلس جوابٌ ضبطه عليه قاضي الجماعة , وصرّح بكفره، وشهد عليه (?) ، وأراد أن يقام عليه الدعوى عند قاضي القضاة المالكيّ , فلمَّا علم كاتب السرِّ " ابن مزهر " بذلك طلب "البقاعيّ " إلى عنده, وحكم بعض القضاة بحقن دمه , ولولا كاتب السرّ ما حصل على " البقاعيّ" خير, والذي جرى على " البقاعيّ بخطيئة " ابن الفارض " فإنّه كان رأس المتعصبين عليه (?) , واستمر "البقاعيّ" في عكس حتى مات"

يقول "ابن حجر الهيثمي" " ضبط عليه في مناسباته، فحكم بتكفيره وإهدار دمه ولم يبق من ذلك إلا إزهاق روحه لولا استعان ببعض الأكابر حتى خلصه من تلك الورطة واستتيب في الصالحية بمصر وجدد إسلامه " (?) .