شديدا، وانهزم أصحابه فتوارى. وشهد (صفين) مع معاوية، ثم أمنه عليّ، فأتاه فبايعه. وانصرف إلى المدينة فأقام إلى أن ولي معاوية الخلافة، فولاه المدينة (سنة 42 - 49 هـ وأخرجه منها عبد الله بن الزبير، فسكن الشام. ولما ولي يزيد ابن معاوية الخلافة وثب أهل المدينة على من فيها من بني أمية فأجلوهم إلى الشام، وكان فيهم مروان. ثم عاد إلى المدينة. وحدثت فتن كان من أنصارها، وانتقل إلى الشام مدة ثم سكن تدمر. ومات يزيد وتولى ابنه معاوية بن يزيد ثم اعتزل معاوية الخلافة، وكان مروان قد أسنّ فرحل إلى الجابية (في شمالي حوران) ودعا إلى نفسه، فبايعه أهل الأردن (سنة 64) ودخل الشام فأحسن تدبيرها، وخرج إلى مصر وقد فشت في أهلها البيعة لابن الزبير، فصالحوا مروان، فولّى عليهم ابنه (عبد الملك) وعاد إلى دمشق فلم يطل أمره، وتوفي فيها بالطاعون. وقيل: غطّته زوجته (أم خالد) بوسادة وهو نائم، فقتلته.
ومدة حكمه تسعة أشهر و 18 يوما. وهو أول من ضرب الدنانير الشامية وكتب عليها (قل هو الله أحد) وكان يلقب (خَيط باطل) لطول قامته واضطراب خَلْقه. وكان نقش خاتمه: (العزة للَّه) قاله الصاحب في عنوان المعارف 14 (?) .