وأربعين قبل الميلاد، وسمته قيصرون وأعلنت أنه ابن قيصر، وفي عام ستة وأربعين قبل الميلاد لبت دعوة قيصر، وذهبت هي وابنها قيصرون وأخوها بطليموس الرابع عشر إلى روما، وظلت هناك حتى عام أربعة وأربعين قبل الميلاد، حين قامت مجموعة من أشراف روما الأرستقراطيين بقتل قيصر، وحينئذٍ عاد إلى مصر حيث دبرت مقتل أخيها بطليموس الرابع عشر؛ حتى يتمكن قيصرون من الحكم.

وفي عام 41 قبل الميلاد وجه مارك أنطونيو دعوة إلى كليوباترا لزيارته في طرسوس في آسيا الصغرى -وهي تركيا الآن- وكان أنطونيو في ذلك الوقت أحد حكام روما مع جايوس أكتافيوس أوغسيوس ومارك لبيدس، وكان قد التقى بكليوباترا أثناء إقامتها في روما في ضيافة قيصر، وكان يود أن يحكم روما وحده، ويأمل أن يحصل على مساعدة مادية من كليوباترا، وقد ربط الحب بينهما عام 40 قبل الميلاد، ووضعت كليوباترا مولودين توأمين، أحب أنطونيو كليوباترا وطفليها إسكندر هيليوس وكليوباترا سيلين التوأمين، ولكنه تركهم جميعًا ليتزوج أوكتافيا شقيقة أوكتافيوس شريكه في الحكم، وكان زواجه بمثابة وسيلة سياسية للوصول إلى السلطة، إلا أنه افتقد كليوباترا فترك أوكتافيا وعاد إلى حبيبة قلبه وتزوجها عام سبعة وثلاثين قبل الميلاد.

وبعد ذلك بعام رزقت كليوباترا بغلام آخر منه هو بطليموس فلادلفوس، وقد تعاون الاثنان لتحقيق أهدافهما، وكان هو يعتقد أن ثروة مصر ستساعده؛ ليصبح الحاكم الوحيد لروما، أما هي فكانت تأمل أن تجعل من أولادها، وخصوصًا قيصرون حلقات في سلسلة حكام روما.

وفي عام 34 قبل الميلاد عينها حاكمًا على مصر وقبرص وكريت وسوريا، ومنح أبناءه منها كثيرًا من الأراضي التي كان يحكمها الإسكندر الأكبر، مما أغضب