حدَّث عن: بكر بن سهل الدمياطي، وأبي عبد الرّحمن النسائي- وأكثر عنه - وعمه يحيى بن زكريا، وأحمد بن عمرو البزار، وأبي بشر الدولابي، وعبد الله بن أحْمَد بن عبد السّلام الخفاف وغيرهم.
وعنه: أبو الحسن الدَّارقُطْنِي في "سننه" وذكر أنّه حدثه بمصر، وعبد الغني بن سعيد الأزدي، وأبو الحسن علي بن أحْمَد الكتَّاني، وأبو العباس النَّخَاس، وأبو الحسن علي بن منير الخلال، وهارون بن يحيى الطحان، ومحَمَّد بن جعفر بن أبي الذكر، ومحَمَّد بن الحسين الطَّفَّال، وأبو عبد الله الحاكم في "مستدركه" وغيرهم.
قال حمزة السهمي: سمعت الدَّارقُطْنِي يقول: سمعت محَمَّد بن عبد الله بن زكريا النيسابوري بمصر، حدَّث عن: أبي عبد الرّحمن النسائي، وعن المنجنيقي، وعن البزار، وكان لا يترك أحدًا يتحدث في مجلسه، وقال: جئت إلى شَيْخ عنده "الموطَّأ" وكان يقرأ عليه ويتحدث الشَّيْخ مع قوم، فلمَّا فرغ من القراءة، قلت: أيها الشّيخ، يقرأ عليك وأنت تتحدث، فقال: كنت أسمع. فلم أرجع إليه. وسمعت من الدَّارقُطْنِي يقول: وسمعته يقول: حدَّث عن البزار بأشياء أخطأ فيها، فأنكر عليه أبو عبد الرّحمن، وكان الحق مع أبي عبد الرّحمن، فأخرجوه من الجامع وغسلوا موضعه. قال الحافظ ابن عساكر: كذا كان في الأصل عن البزار، وعندي أنّ الصواب حدث البزار بأشياء -فالله أعلم-. وقال الذَّهَبِي معلِّقًا على قصة ابن حيُّويه، الّتي حكاها الدَّارقُطْنِي عنه: قلت؛ كذا شيوخ الحديث اليوم، إنَّ لم ينعسوا تحدثوا، وإن عوتبوا، قالوا: قد كنا نسمع، وهذا مكابرة. وقال ابن ماكولا: محَمَّد بن عبد الله بن زكريا بن حيُّويه كان ثقة نبيلًا. وقال الذَّهَبِي: الشَّيْخ الإمام المعمِّر، الفقيه، الفرضي، القاضي، قدم مصر صغيرًا. وقال الزبيدي في "تاجه": أحد الثقات. وأمّا محقق "العلل" فقال: يُبحث عنه.
ولد سَنَة ثلاث وسبعين ومائتين، ومات ليلة الاثنين، ودفن يوم الاثنين لثماني عشرة