ثمَّ نقل في صفر سنة (709) إِلى الإِسكندرية، ثمَّ أُفرج عنه وأُعيد إِلى القاهرة ثمَّ أُعيد إِلى الإِسكندرية، ثمَّ حضر الناصر من الكرك فأطلقه، ووصل إِلى دمشق في آخر سنة (712). وكان السَّبب في هذه المحنة: أن مرسوم السلطان ورد على النائب بامتحانه في معتقده لما وقع إِليه من أُمور تُنكر في ذلك، فعقد له مجلس في سابع رجب، وسئل عن عقيدته، فأملى منها شيئًا ثمَّ أَحضروا العقيدة الَّتي تُعرف بالواسطية فقرئ منها، وبحثوا في مواضع ثمَّ اجتمعوا في ثاني عشره، وقرّروا الصَّفي الهندي يَبْحث معه، ثمَّ أخروه وقدّموا الكمال الزمْلكاني، ثمَّ انفصل الأَمر على أَنَّه شهد على نفسه أَنَّه شافعي المعتقد، فأشاع أتباعه أَنَّه انتصر فغضب خصومه ورفعوا واحدًا من أتباع ابن تَيْميَّة إِلى الجلال القزويني نائب الحكم بالعادلية فعزَّره وكذا فعل الحنفي باثنين منهم.

ثمَّ في ثاني عشري رجب قرأَ المزِّي فصلاً من كتاب «أَفعال العباد» للبخاري في الجامع فسمعه بعض الشافعية فغضب، وقالوا: نحن المقصودون بهذا ورفعوه إِلى القاضي الشَّافعيّ فأمر بحبسه، فبلغ ابن تَيْمِيَّة فتوجَّه إِلى الحبس فأخرجه بيده ن فبلغ القاضي فطلع إِلى القلعة فوافاه ابن تَيْمِيَّة فتشاجرا بحضرة النّائب، واشتط ابن تَيْمِيَّة على القاضي لكون نائبه جلال الدِّين آذى أَصحابه في غيبة النائب، فأمر النائب من ينادي: أن من تكلّم في العقائد فعل كذا به، وقصد بذلك تسكين الفتنة.

ثمَّ عقد لهم في سلخ رجب وجرى فيه بين ابن الزمْلكاني وابن الوكيل مباحثة، فقال ابن الزَّمْلَكاني لابن الوكيل: ما جرى على الشَّافعية قليل حتَّى تكون أَنت رئيسهم، فظن القاضي نجم الدين بن صصري أَنَّه عناه، فعزل نفسه وقام فأَعانه الأمراء، وولاه النائب وحكم الحنفي بصحة الولاية، ونفذها المالكي، فرجع إِلى منزله وعلم أَنَّ