محمودة في صنعها رغبة منهم في تقديم وتيسير كل طريق يفيد العلم والحضارة، وتتعدد أنواع الفهارس، وأهمها: فهارس الموضوعات، فهارس الآيات القرآنية، فهارس الحديث والأثر، فهارس الأمثال والحكم وأقوال العرب، فهارس اللغة، فهارس القوافي، فهارس الأعلام والأمم والقبائل والأماكن والبلدان ... إلى آخر هذه الأنواع.

ونبدأ بفهرس الموضوعات، ويستحسن أن يكون هذا الفهرس مفصلًا، تظهر فيه جميع الجزئيات التي عالجها المؤلف في مخطوطه، ويكون ترتيبها بنفس الترتيب الوارد داخل المخطوط المحقق، إلا إذا رأى المحقق مبررًا لتغيير هذا الترتيب فله أن يغيره شريطة أن ينبه إلى ذلك، ويذكر في التنبيه المبرر الذي دعاه إلى التغيير، وقد رأينا شيخنا محمد عبد الخالق عضيمة -يرحمه الله تعالى- يرتب فهرست كتاب (المقتضب) لأبي العباس المبرد على حسب ترتيب أبواب ألفية ابن مالك؛ لشهرة هذا الترتيب عند دارسي النحو العربي، وخالف بذلك ترتيب الموضوعات الواردة في الكتاب، لكنه أشار إلى المبرر.

أما الآيات القرآنية فهناك طرق لترتيبها في فهارسها؛ فالبعض يرتبها في سورها، ثم ترتب السور حسب ورودها في المصحف الشريف، والبعض يرتبها على حسب ورودها في النص المحقق، وبعضهم يرتب السور على حسب حروف الهجاء، وقد اهتدى العلامة المحقق الأستاذ عبد السلام هارون إلى طريقة جديدة في ترتيبها، وعدها ميسرة للتهدي إلى الآيات الواردة بالكتاب المحقق، قام بترتيبها في نطاق المواد اللغوية، واعتمد على الكلمات البارزة في الآية؛ فمثلًا إذا أراد أن يفهرس لقول الله سبحانه وتعالى: {وَلِيَ فِيهَا مَآرِبُ أُخْرَى} (طه: 18)، وضعها تحت مادة أرب، أو قوله مثلًا: {وَتَبَتَّلْ إِلَيْهِ تَبْتِيلاً} (المزَّمل: 8) فوضعه تحت مادة بتل،